کار مھم دیگر شیخ بھائی بنای مسجد مشھور چھار باغ است که چون در مسیر یکی از کانالھای اب زاینده رود قرار داشت و امکان پی ریزی ساختمان عظیم و سنگی آن مواجه با اشکال میگردید و ساختمان مذکورھم نمی توانست روی سطح مرداب و لجن ھای موجود در اطراف آن قرار گیرد و امکان ھر گونه خطر برای ساختمان و علی الخصوص برای دیوارھای جانبی گنبد و مناره ھا وجود داشت ( این کانال ھنوز از وسط مدرسه چھارباغ اصفھان عبور میکند) دست به یک ابتکار زد .
شیخ برای اجرای صحیح این کار پیشنھاد کرد که نخست مقدار زیادی زغال چوب به ضخامت 2 متر در سرتاسر پی ساختمان پراکنده گردد و پس از کوبیدن زغال در کف پی ھا روی انرا با ساروج و شفته پر کرده و پی ھای ساختمان را روی ساروج و شفته مذکور بنا نمایند . این روش که عبارت است از استفاده از زغال چوب برای پی ساختمانھای روی مرداب و لجن زار است بعدھا مورد توجه اروپائیان قرار گرفت و پی و شالوده ساختمانھای عظیم خود را بدین طریق ساختن و ھنوز ھم در بعضی از نقاط به ھمین روش عمل می کنند . ظمنا" چون باید ملات گل ساختمان مسجد بھم در آمیخته و با پا و سایر وسایل بخوبی مخلوط شود و از انجا که ھر چه ملات بیشتر پا بخورد چسبندگی گل بھتر شده و خوب عمل میاید , از این لحاظ به دستور شیخ بھائی ابتکاری برای ھر چه بیشتر پا زدن گل ھا بکار برده شد که ملات بنای مسجد ھر روز زیر پای مردم و کودکان اھل اصفھان بلاوقفه پا بخورد و بھم مخلوط و آمیخته گردد . ابتکار شیخ بھائی این بود که دستور داد که ھر روز صبح چند سکه طلا را در خاک ملات ھا بریزند و سپس گل ساخته و به مردم اطلاع دھند که بیایند و سکه ھا را برای خود بیابند . مردم گروه گروه گل ملات ھا را از صبح لگدمال کرده و تا غروب آن روز تعدادی سکه برای خود می جستند و بدین طریق گل ملات ھا کاملا بھم امیخته و به قول معمارھا عمل می آمد , یعنی ھمین کاری که امروزه ھم برای گل خاک رس کاشی سازی به وسیله ماشین ھای مکانیکی مخلوط کن انجام میگیرد . ( البته امروز این بناء به مدرسه چھارباغ مشھور است )
مدرسه چهارباغ که به نام مدرسه سلطانی مدرسه مادر شاه نیز نامیده میشد، آخرین بنای تاریخی باشکوه عهد صفویه در اصفهان است، که برای تدریس و تعلیم طلاب علوم دینی در دوره آخرین پادشاه صفویه ، شاه سلطان حسین از سال 1116 تا 1126 هجری ساخته شده است و درختهای چنار کهنسال و نهر آبی که در آن جریان دارد، بر زیبایی تزئینات نفیس کاشیکاری آن افزوده و بنای مزبور را بسیار فرح بخش و روح نواز نموده است.
از نظر تناسب معماری و زیبایی طرح کاشیکاری، گنبد مدرسه چهارباغ بعد از گنبد مسجد شیخ لطف الله قرار دارد، ولی در مجلل آن که با طلا و نقره تزئین شده است ، از لحاظ زرگری، طلا کاری، طراحی و قلم زنی در نظر استادان بزرگ امروز این فن نیز ، شاهکاری از صنایع ظریفه است و نظیر ندارد.
مدرسه چهارباغ از لحاظ کاشیکاری هم، انواع مختلف این فن را مانند کاشهای هفت رنگ، معرق، گره سازی، پیلی و معقلی را در خود جای داده است و در حقیقت موزه کاشیکاری اصفهان می باشد.
محراب با شکوه، منبر یکپارچه مرمری، حجره مخصوص شاه سلطان حسین، کاشیکاری بی نظیر مد خل مدرسه، خطوط نستعلیق کتیبه ها و پنجره های چوبی آلت بری شده از قسمتهای بسیار جالب و تماشایی این بنای نفیس تاریخی است .
کاروانسرای مادر شاه که مجللترین اقامتگاه مسافرین سه قرن پیش بوده و متصل به ساختمانهای مدرسه چهارباغ ، در ضلع شرقی آن است، هم اکنون تبد یل به مهمانسرای باشکوهی به نام مهمانسرای عباسی شده است و یقیناً از لحاظ سبک معماری در بین هتلهای درجه اول دنیا در زمان حاضر بی نظیر و منحصر به فرد است و احیا و ایجاد این مجموعه عظیم معماری، خود عامل مؤثری در جلب جهانگردان بسوی شهر تاریخی اصفهان شده است.